Prva ideja o združitvi jugoslovanskih mikrobiologov v obliki društva se je rodila marca 1957 na prvem simpoziju tehnološke mikrobiologije v Ljubljani na Kemijskem institutu Borisa Kidriča. Idejo je podprl direktor Inštituta prof. Maks Samec. Imenovan je bil iniciativni odbor za ustanovitev jugoslovanskega mikrobiološkega društva. Predstavniki mikrobiologov Slovenije: dr. Marta Blinc, prof.Aleksander Konjajev, dr. Franc Rigler, dr. Roman Scagnetti, prof. Milica Valentinčie so sestavili osnutek pravil društva in ga poslali v Beograd, kjer je bila oktobra 1957 ustanovna skupščina Jugoslovanskega mikrobiološkega društva - JMD.Sekcija slovenskih mikrobiologov je bila ustanovljena 8. aprila 1958. V tem času sta se ustanovili tudi hrvaška in srbska sekcija. Člani prvega odbora slovenske sekcije so bili: predsednica dr. Blinčeva, tajnik dr. Marijan Vozelj in blagajničarka dr. Zlata Stropnik.Na ustanovnem sestanku je dr. Blinčeva prikazala stanje mikrobiologije v svetu in pri nas in povdarila pomanjkanje možnosti za dodatno izobraževanje mikrobiologov, zlasti na področju industrijske mikrobiologije. Eden od ciljev sekcije naj bi bilo izobraževanje mladih kadrov vseh vej mikrobiologije v obliki predavanj, tečajev in ekskurzij. Že v prvem letu obstoja sekcije so bila organizirana plenarna predavanja in seminarji iz medicinske in veterinarske mikrobiologije. Tedaj je sekcija štela 62 članov: 22 zdravnikov, 14 agronomov, 10 kemikov, 9 veterinarjev in 7 biologov. Člani so bili torej z vseh področij mikrobiologije in sklenjeno je bilo, da se vodstvo Sekcije v vsakem mandatu preseli na inštitucijo drugega področja mikrobiologije.

Tudi JMD je bilo aktivno, že novembra 1959 je organiziralo 1. posvetovanje "Mikrobiologija životnih namirnica", na katerem je aktivno sodelovalo tudi 5 slovenskih mikrobiologov. Zanimivo je prebirati arhivske podatke o predavanjih članov sekcije v 60-tih letih, iz katerih je jasno razvidna tedanja aktualna mikrobiološka problematika na vseh področjih mikrobiologije.

V letu 1962 je bila v okviru sekcije ustanovljena Terminološka komisija, ki se je pod vodstvom prof. Stanka Baniča pridno sestajala in kronala svoj trud leta 1994 z izdajo Mikrobiološkega slovarja. Komisija se pod vodstvom prof. Baniča še vedno sestaja in pripravlja novo izdajo slovarja. V tem času je sekcija organizirala tečaj svetlobne mikroskopije in ekskurzijo v Italijo z ogledom tovarne antibiotikov, zavoda Istituto Superiore di Sanita v Rimu in Agronomske fakultete v Perugi. Prof. Castelli iz Peruge je do smrti ostal prijateljsko povezan s slovenskimi mikrobiologi.

V letu 1962 je predsedstvo sekcije prevzel prof. Banič. V tem času je predsednik JMD prof. Tešić predlagal spremembo statuta društva, po katerem naj bi imele republiške sekcije večjo samostojnost. Že marca 1963 je bil sprejet statut novoustanovljenega Slovenskega mikrobiološkega društva - SMD. V tem letu je začel v Beogradu izhajati strokovni časopis Mikrobiologija, v katerem so svoje prispevke objavljali tudi slovenski mikrobiologi, dokler revija ni zašla v finančne težave in je začela neredno izhajati. Po razpadu Jugoslavije je dokončno usahnila.

Leta 1963 so slovenski mikrobiologi odšli na strokovno ekskurzijo v Pariz na ogled Pasteurjevega instituta. Naslednje leto je društvo pod vodstvom prof. Odarja organiziralo tečaj iz statistike. Tedaj so vodstvo SMD prevzeli agronomi s predsednikom prof. Konjajevim. Tudi v tem obdobju nas preseneča aktualnost tematike vedno dobro obiskanih predavanj.Slovenski mikrobiologi vseh strok so se tako izobraževali in med seboj spoznavali. Jeseni 1967 je prof. Batis v imenu SMD odkril spominsko ploščo Marku Antonu Plenčiču v Solkanu. Prof. Konjajevu je kot predsednica sledila dr. Danica Miklič, ki je 1967 organizirala proslavo 10. obletnice društva, na kateri je dr. Blinčeva obširno poročala o dosedanjem delu društva, dr. Mikličeva pa je spregovorila o pionirjih slovenske mikrobiologije. Med ekskurzije SMD v teh letih štejemo obiske Tovarne zdravil KRKA v Novem mestu, Mlekarskega šolskega centra v Kranju, Tovarno LEK v Mengšu in Pivovarno Union. Leta 1971 je SMD organiziralo tečaj spektralne fotometrije. Vodstvo SMD je prevzel prof. Batis in sedež društva se je preselil k veterinarjem. Slovenski mikrobiologi so na seji novembra 1970 sprejeli važen sklep, naj se JMD preimenuje v Zvezo mikrobioloških društev Jugoslavije in ga posredovali v Beograd.
V naslednjem mandatnem obdobju je predsednica spet postala dr. Blinčeva.

Medtem je delovalo tudi JMD, predsvem v obliki organiziranja simpozijev in kasneje kongresov mikrobiologov Jugoslavije.

V letu 1973 so vodstvo društva prevzeli medicinski mikrobiologi s predsednikom prof. Mihom Likarjem. Na občnem zboru je prof. Megušar predstavil priprave na medfakultetni študij mikrobiologije. Uspešno je bil izveden tečaj o sterilizaciji, katerega predavanja so izšla tudi v knjižni obliki.

Glavno delo v tem času so bile priprave na organizacijo 3. kongresa mikrobiologov Jugoslavije, ki so ga organizirali slovenski mikrobiologi in je potekal 1976 na Bledu.

Leta 1980 je postala predsednica SMD prof. Aleksa Cimerman. 

Organizirano je bilo strokovno srečanje "Glive 80" na Otočcu in začele so se priprave ne 4. kongres mikrobiologov v Beogradu. V tem času je SMD štelo že 152 članov. Še vedno smo delovali v obliki predavanj in ogledov: Zavoda za zdravstveno varstvo in tovarne Zlatorog v Mariboru, novega Kliničnega centra v Ljubljani in Morske biološke postaje v Portorožu.

Naslednji mandat je kot predsednik prevzel prof. France Megušar, ki se je intenzivno posvetil organizaciji kongresa mikrobne ekologije. V tem času smo slavili 25. obletnico obstoja društva. Plaketo Zveze društev mikrobiologov Jugoslavije (ZDMJ) so dobili : prof. Miha Likar, prof. Aleksander Konnjajev in ing. Jože Šlajmer.

Leta 1982 je prof. Drinovec v okviru SMD organiziral posvetovanje o virusnih infekcijah.. Leto kasneje pa je JMD organiziralo 7. svetovno konferenco GIAMS (General Impacts of Applied Microbiology) v Splitu. V Sloveniji pa je tedaj pričela aktivno delovati sekcija industrijskih mikrobiologov, ki je za člane prirejala predavanja in oglede.

5. Kongres mikrobiologov Jugoslavije je bil septembra l985 v Poreču. Na občnem zboru na tem kongresu so bili objavljeni zanimivi zaključki, med drugim, da se sedež jugoslovanskega društva prenese iz Beograda v Zagreb.

Mednarodni kongres mikrobne ekologije (ISME) je bil 1986 v novem Cankarjevem domu. Istega leta je bil tudi "Symposium on Genetics of Industrial Microorganisms" v Splitu, na katerem so aktivno sodelovali tudi slovenski mikrobiologi. Vedno intenzivnejše je postajalo sodelovanje Zveze jugoslovanskim mikrobioloških društev z mednarodnimi organizacijami, zlasti z Evropsko federacijo za biotehnologijo (EFB), ki je imela leta 1987 v različnih delovnih skupinah (Working Party) šest jugoslovanskih delegatov, tudi slovenskih. Dr. Marin Berovič je v sodelovanju s SMD 1987 na Otočcu organiziral prvo mednarodno šolo "Bioreactor Engineering".

Sekcija industrijskih mikrobiologov je pridno organizirala predavanja, predvsem tujih predavateljev s Poljske, iz Avstrije, ZDA in Nemčije.

V 4. desetletju obstoja društva so vodstvo SMD prevzeli veterinarji pod predsedništvom dr. Jožeta Groma. Glavna naloga je bila organizacija 6. Kongresa mikrobiologov Jugoslavije 1989 v Mariboru, ki je bil zadnji skupni kongres v stari državi. Predsednik organizacijskega odbora je bil prof. Drinovec. Na kongresu je bila skupščina SDMJ, na kateri je bil prof. Drinovec izvoljen za njenega zadnjega predsednika.Sklenjeno je bilo, da naslednji kongres organizira novo ustanovljeno bosansko-hercegovsko mikrobiološko društvo, vendar do tega ni več prišlo. Na tej skupščini je prof. Bach iz Zagreba predlagal, naj se na bodočih kongresih uporabljata samo srbohrvaški jezik in latinica. Dr. Grom je predlog odločno zavrnil. Sklep te skupščine je bil tudi ta, da postane emblem 6. kongresa SDMJ uradni znak SDMJ. Po razpadu te zveze je znak v obliki 4 bacilov, postavljenih v obliki črke "M" postal emblem SMD.

V zadnje desetletje 20. stoletja je SMD vstopilo z organizacijo strokovnega sestanka "Physiological Aspects of Product Formation by filamentous Fungi" delovne skupine za mikrobno fiziologijo pri EFB v Gozdu Martuljku.

Maja 1990 smo se veselili prve številke glasila SMD "Mikrobilten", ki je poslej redno izhajalo po 2x letno.

Na plenarnih predavanjih smo še vedno obravnavali aktualne teme,npr. lajmsko boreliozo, trihinelozo, problematiko Blejskega jezera, edukacijo v mikrobiologiji in marca 1991 predavanje o zlorabi bioloških agensov v vojni in miru. Leta 1991 sta bili dve strokovni ekskurziji: v Vinsko klet v Ormož in v Drogo, Portorož s predavanjem o sanitarni kakovosti slovenskih morskih kopališč in z ogledom marikulture v Piranskem zalivu in solinarskega muzeja. .

4. novembra 1991 je SMD sklicalo izredni občni zbor, na katerem se je odločilo izstopiti iz SDMJ in ustanoviti samostojno društvo ter se kot tako vključiti v ustrezne strokovne mednarodne organizacije ( FEMS; IUMS; EFB ...).V "Mikrobiltenu" je bil objavljen statut samostojnega društva. Prvi predsednik samostojnega Slovenskega mikrobiološkega društva - SMD je postal prof. Borut Drinovec.

Leta 1991 smo obiskali obrat tovarne LEK v Lendavi, leta 1992 pa Pršutarno in Vinsko klet v Vipavi ter organizirali tečaj o tkivnih kulturah pod vodstvom dr. Bratka Filipiča in prof. Maje Ravnikar. Materiali s tega tečaja so izšli v obliki prvih dveh "Knjižic Slovenskega mikrobiološkega društva".

Leta 1993 se je SMD vpisalo v register društev RL pod številko 365. Istega leta je skupščina EFB na svojem kongresu v Firencah sprejelo SMD med svoje člane. Tako je SMD pred 10 leti dobilo svoj status doma in v tujini.

Mikrobilten je zaznamoval že svojo deseto številko.

Velik društveni uspeh je bila organizacija 1. Kongresa slovenskih mikrobiologov na Bledu, oktobra 1993. Kongres sta pozdravili obe ustanoviteljici JMD dr. Marta Blinc in prof. Vera Johanides iz Zagreba.Kongres je bil tudi finančno uspešen in tako je bilo SMD prvič v stanju omogočiti šestim mladim mikrobiologom udeležbo na 7. mednarodnem mikrobiološkem kongresu v Pragi.

Julija 1994 je izšel Slovenski mikrobiološki terminološki slovar. Na seji SMD je bil sprejet pravilnik o podeljevanju Plenčičevih odličij in priznanj.

1995 smo organizirali tečaj "Načini priprave in uporabe monoklonskih protiteles".
V okviru SMD je bilo pripravljeno srečanje mednarodne organizacije ECCO (European Culture Collection Organization) junija 1995 v Gozdu Martuljku skupaj s srečanjem pod pokroviteljstvom UNESCO o biodiverziteti. Z udeleženci obeh srečanj smo si ogledali Škocijanske jame.
Jeseni 1995 je bil slavnostni sestanek SMD v spomin stoletnice smrti Louisa Pasteurja. Vsi prispevki so izšli kot 3. knjižica SMD.

V letu 1996 sta bili dve ekskurziji in sicer v Krko, Novo mesto in v Zlatorog, Maribor.

Na letni skupščini SMD so bila podeljena prva Plenčičeva odličja in priznanja. Dobili so jih: dr. Marta Blinc, dr. Stanko Banič, dr.Janez Batis, dr. Miha Likar ter dr. France Megušar, dr. Zlata Stropnik, dr. Aleksa Cimerman in dr. Marjana Tratnik.

Izvoljen je bil nov upravni odbor s predsednico prof. Alekso Cimerman.Glavna naloga je bila priprava drugega kongresa mikrobiologov Slovenije. Predsednica kongresnega odbora je bila prof. Helena Hren-Vencelj. Na seji društva na BF na Rodici so se člani seznanili z uporabo interneta in spletno stranjo SMD, ki jo je uredil prof. Franc Nekrep.

Maja 1997 smo si ogledali Inštitut za pivovarstvo in hmeljarstvo ter vrt zdravilnih in dišavnih rastlin v Žalcu in rimsko nekropolo v Šempetru. Junija tega leta smo se odpravili na strokovno ekskurzijo "Po poteh Louisa Pasteurja" v Francijo. Obiskali smo Pasteurjev inštitut in njegov grob v Parizu, njegov rojstni kraj Dole, hišo,kjer je živel v Arboisu in Univerzo v Besanconu, kjer sta nas prijazno sprejela prof. Jean Pierre Chaumont in prof. Joelle Millet.

V letu 1998 smo vzkladili statut SMD z novim zakonom o društvih. Glavno delo v tem letu je bilo posvečeno 2. kongresu slovenskih mikrobiologov v Portorožu septembra 1998. V času kongresa je bila tudi proslava 40. obletnice obstoja društva. Prikazano je bilo delo društva, predstavljena knjižica "Prvih 40 let SMD" in podeljena Plenčičeva odličja in priznanja : prof. Ani Zlati Dragaš, prof. Francetu Megušarju, prof. Marijanu Vozlju, prof. Borutu Drinovcu, prof. Heleni Hren -_Vencelj, Elizabeti Pertot, Jožetu Prevorčniku in Dušanu Završniku.

Novo delovno obdobje SMD označuje novo vodstvo s predsednikom prof. Petrom Rasporjem. Krona dela društva v tem času je organizacija mednarodnega kongresa FEMS (Federation of Europian Microbiological Societies) v Ljubljani,29.6. do 3.7. 2003. Kongresu želimo obilo uspeha in upamo, da se bo tudi delo SMD v 21. stoletju uspešno nadaljevalo.

Aleksa Cimerman