Priznanje SMD je strokovno priznanje, ki se podeli članom SMD za delovanje na področju mikrobiologije. Priznanje je razdeljeno v tri kategorije in se podeli:
a) mladim mikrobiologom Slovenije za izjemne znanstveno-raziskovalne dosežke (priznanje se podeljuje osebam, ki so do javnega poziva za podeljevanje nagrad dopolnile največ 35 let)
b) za pomembne strokovne ali znanstveno-raziskovalne ali pedagoške dosežke na področju mikrobiologije v Sloveniji
c) za uspešno organizacijsko in/ali strokovno delo v društvu, organih ali sekcijah društva

Plaketa SMD je priznanje, ki se podeli članom SMD za znanstvene, razvojne ali pedagoške dosežke na področju mikrobiologije. Priznanje je razdeljeno v tri kategorije in se podeli za:
a) vrhunske znanstveno-raziskovalne dosežke z mednarodno odmevnostjo
b) vrhunski dosežek na strokovnem področju mikrobiologije (npr. v proizvodnji ali diagnostični  praksi)
c) izjemne pedagoške dosežke z mednarodno odmevnostjo na področju mikrobiologije

Plenčičevo odličje je najvišje odličje, ki ga podeljuje SMD, in se podeli članu SMD, ki je pomembno prispeval k razvoju mikrobiologije v Sloveniji ter tudi k mednarodni prepoznavnosti slovenske mikrobiologije. Kandidat za Plenčičevo odličje mora izpolnjevati vsaj štiri od navedenih pogojev:
– objave v kvalitetnih znanstvenih revijah tekom kariere in v zadnjih petih letih pred razpisom
– nadpovprečen doprinos na strokovnem ali pedagoškem področju mikrobiologije
– organizacija mednarodnih in domačih dogodkov
– aktivnost pri promociji mikrobiologije (npr. javna predavanja, sodelovanje pri televizijskih oddajah, publicistična dejavnost)
– aktivno delovanje v društvu SMD

Naziv častnega člana SMD se podeljuje posamezniku za posebne zasluge pri promociji in razvoju strokovnega ali znanstveno-raziskovalnega ali pedagoškega delovanja na področju mikrobiologije v Sloveniji.
Naziv častnega člana se lahko podeli tudi nečlanu društva in tujemu priznanemu strokovnjaku/znanstveniku, ki je s svojim delovanjem pripomogel k razvoju mikrobiološke vede v Sloveniji.
Naziv častnega člana se lahko podeli tudi posamezniku za posebne zasluge pri sodelovanju in promociji SMD v mednarodnem prostoru.

Naj Magisterij je nagrada, ki jo SMD podeljuje kandidatom, kateri so po mnenju komisije v preteklem obdobju pripravili in uspešno zagovorili najboljša magistrska dela na področju mikrobiologije. Nagrada se podeljuje letno na rednem občnem zboru SMD. Poleg glavnega nagrajenca priznanje prejmeta še dva kandidata za drugo in tretje mesto glede na točkovanje komisije.