Priznanje SMD je strokovno priznanje, ki se podeli članom SMD za delovanje na področju mikrobiologije. Priznanje je razdeljeno v tri kategorije in se podeli:
a. mladim mikrobiologom Slovenije za izjemne znanstveno-raziskovalne dosežke (priznanje se podeljuje osebam, ki so do javnega poziva za podeljevanje nagrad dopolnile največ 35 let)
b. za pomembne strokovne ali znanstveno-raziskovalne ali pedagoške dosežke na področju mikrobiologije v Sloveniji
c. za uspešno organizacijsko in/ali strokovno delo v društvu, organih ali sekcijah društva

Plaketa SMD je priznanje, ki se podeli članom SMD za znanstvene, razvojne ali pedagoške dosežke na področju mikrobiologije. Priznanje je razdeljeno v tri kategorije in se podeli za:
a. vrhunske znanstveno-raziskovalne dosežke z mednarodno odmevnostjo
b. vrhunski dosežek na strokovnem področju mikrobiologije (npr. v proizvodnji ali diagnostični  praksi)
c. izjemne pedagoške dosežke z mednarodno odmevnostjo na področju mikrobiologije

Plenčičevo odličje je najvišje odličje, ki ga podeljuje SMD, in se podeli članu SMD, ki je pomembno prispeval k razvoju mikrobiologije v Sloveniji ter tudi k mednarodni prepoznavnosti slovenske mikrobiologije. Kandidat za Plenčičevo odličje mora izpolnjevati vsaj štiri od navedenih pogojev:
– objave v kvalitetnih znanstvenih revijah tekom kariere in v zadnjih petih letih pred razpisom
– nadpovprečen doprinos na strokovnem ali pedagoškem področju mikrobiologije
– organizacija mednarodnih in domačih dogodkov
– aktivnost pri promociji mikrobiologije (npr. javna predavanja, sodelovanje pri televizijskih oddajah, publicistična dejavnost)
– aktivno delovanje v društvu SMD

Naziv častnega člana SMD se podeljuje posamezniku za posebne zasluge pri promociji in razvoju strokovnega ali znanstveno-raziskovalnega ali pedagoškega delovanja na področju mikrobiologije v Sloveniji.
Naziv častnega člana se lahko podeli tudi nečlanu društva in tujemu priznanemu strokovnjaku/znanstveniku, ki je s svojim delovanjem pripomogel k razvoju mikrobiološke vede v Sloveniji.
Naziv častnega člana se lahko podeli tudi posamezniku za posebne zasluge pri sodelovanju in promociji SMD v mednarodnem prostoru.